땅찾기-등기관직권말소 경우 기존 등기부취득시효 적용?

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늘 감사합니다.

조상땅을 찾다보니 이런 문제가 있습니다.
법3562호에 제6조에 따르면
특조법소유권보존등기를 하려면 명의변경된 토지대장이
있어야하고 이에 의하여 소유권보존등기를 신청할 수
있도록 되어 있습니다. 다시말해 등기관은 명의변경된 토지대장없이
특조법에 의한 소유권보존등기를 해주어서는 안된다..라는 뜻인데....

문제의 토지 서류를 보면

등기부: 소유권보존등기(법3562호) 83.11.2
토지대장: 명의변경(토지대장) 83.11.3

이렇게 되어 있습니다.
물론, 토지대장에는 11.3일자 명의변경이 먼저 기록되어 있고
그다음 칸(줄)에 소유권보존등기 11.2로 기록되어 있습니다.

특조법 6조의 절차대로 라면,
명의변경된 토지대장 없이 등기관이 소유권보존등기를 행한 것으로
볼 수 있으며, 따라서 위 등기는 등기소 직권말소사항에 해당되는게
아닌가 생각됩니다.

부동산등기법 제55조2항 "등기할 사건이 아닐 때" 에 등기관은
등기신청을 각하하여야 하며,
당시 명의변경된 토지대장없이 신청한 소유권보존등기는
위 조항에 해당되는데, 이를 간과한 등기관이 보존등기를 처리해
버렸습니다.

이런 경우는 보통 특조법이 보증서나 보증인의 허위유무를 가지고
통상의 조상땅찾기 하는 것과 전혀 다른 방향에서 접근하는 것인데
위 제 주장이 맞는지 모르겠습니다.

또 한가지 추가한다면, 93년에 그 토지가 국가명의로 이전되었는데
보존등기가 직권말소되면, 국가가 등기부취득시효를 주장할 수 없는게
아닐까요?
등기관(공무원)이 잘못해서 그리되었으므로 등기부취득시효 기산시점에서
국가 과실이 있었고, 따라서 등기부취득시효가 적용될 수 없다라고
생각되는데 요런 생각이 맞는지 모르겠습니다.

조언 부탁드립니다.